就在刘秀大军取得胜利的时候，他又派游击将军邓隆去帮朱浮攻打彭宠。邓隆把军队驻扎在潞南，朱浮的军队在雍奴，两人派使者向刘秀汇报情况。刘秀看完报告后，就气得不行，就对使者说：“这两军相隔百里，怎么互相支援？等你回去，邓隆的军队肯定已经败了！”果然，彭宠派轻装部队突袭邓隆，把邓隆打得大败，朱浮因为离得太远，根本来不及救援。

而盖延在把睢阳围了好几个月后，终于是打下来了。刘永兵败后就逃到了虞地，虞地的人倒戈，杀了他的老妈和老婆。刘永又带着几十个手下逃到了谯地。这时，苏茂、佼强、周建带着三万多人来救刘永，盖延在沛西跟他们打了一仗，结果把他们打得落花流水。刘永、佼强、周建就逃到了湖陵，苏茂逃回了广乐，盖延则趁机平定了沛、楚、临淮这些地方。

这时刘秀就派太中大夫伏隆带着符节出使青州和徐州，劝各郡国投降。青州和徐州的盗贼听说刘永完蛋了，直接被吓得够呛，纷纷表示愿意投降。张步就派手下孙昱跟着伏隆到朝廷上书，还献上了鳆鱼。伏隆是伏湛的儿子。

就在青州和徐州投降的时候，堵乡人董欣又在宛城造反了，他还把南阳太守刘驎给抓了。随后，扬化将军坚镡又去攻打宛城，等宛城打下来后，董欣又逃回了堵乡。

这边董欣刚被打败，吴汉却干了件让人意想不到的事。他在南阳各地巡查的时候，走到哪儿都要干一些抢劫施暴的事儿。等破虏将军邓奉请假回到新野老家后，一看吴汉把自己家乡抢得不成样子了，顿时就是火冒三丈，直接出兵打败了吴汉的军队，然后在淯阳驻扎下来，还和其他盗贼勾结在一起，你说吴汉干的这是什么事？

本年九月，陕地的盗贼苏况打下了弘农，刘秀就派景丹前去征讨，结果景丹突然去世，这可整尴尬了。随后刘秀就派征虏将军祭遵接着去打弘农、柏华、蛮中的盗贼，最终把这些地方都平定了。

这时的赤眉军想往西去陇地，隗嚣就派将军杨广前去迎击，结果把他们打得落花流水，还在乌氏、泾阳之间追着打。等赤眉军走到阳城番须中时，恰好碰上大雪天，山谷全被雪填满了，好多士兵都冻死了。他们只好往回走，路上还挖开各种陵墓，把里面的宝贝都抢走了。那些用玉匣装殓的尸体大多保存得挺好，盗贼们甚至还侮辱了吕后的尸体。这时邓禹又派兵在郁夷攻打赤眉军，结果没打赢，就只好退到云阳。随后，赤眉军又进了长安。此时的延岑把军队驻扎在杜陵，赤眉军将领逢安就去攻打他。邓禹则趁着逢安的精锐部队在外的时候，带兵去偷袭长安，结果遇到谢禄赶来支援，邓禹只好败退。而延岑反过来攻打逢安，把赤眉军打得那是惨不忍睹，死了十多万人。赤眉军在这边吃了败仗后，廖湛就带着十八万赤眉军前去攻打汉中王刘嘉，刘嘉在谷口迎战，又把赤眉军打得大败，刘嘉还亲手杀死了廖湛，然后跑到云阳去找吃的。刘嘉妻子的哥哥来歙是新野人，也是刘秀的姑表兄弟。所以刘秀就让邓禹劝刘嘉投降，刘嘉则是通过来歙向邓禹投降了。但是刘嘉的手下李宝态度太傲慢，直接被邓禹给杀了。做人还是低调谦逊一点的好，不然会给自己或者家人带来大麻烦的。

到了十一月，刘秀就任命廷尉岑彭为征南大将军。在一次大会上，刘秀指着王常对大臣们说：“王常带着下江的将领们辅佐汉室，忠心耿耿，真是大忠臣！”当天就任命王常为汉忠将军，让他和岑彭带着建义大将军朱祜等七位将军去打邓奉和董欣。岑彭他们先攻打堵乡的董欣，邓奉赶来救援董欣。结果朱祜的军队吃了败仗，朱祜自己也被邓奉给俘虏了。

就在这时，铜马、青犊、尤来这些残余盗贼一起拥立孙登当皇帝。结果孙登的部将乐玄杀了孙登，带着五万多人投降了。

自从冯愔叛变后，邓禹的威望那是大不如前，又加上军队缺粮，还打了好几次败仗，那些原来归附他的人也慢慢散了。这时的赤眉军和延岑在三辅地区到处作乱，郡县的那些大家族各自拥兵自保，邓禹根本管不过来。看到这种情况，刘秀就派偏将军冯异代替邓禹去平乱，还亲自把冯异送到河南，并叮嘱他说：“三辅地区经历了王莽、更始帝的混乱，又遭到了赤眉军和延岑的祸害，老百姓日子苦得那是没法说。你这次去讨伐乱党，要是有敌人投降，就把他们的头领送到京城来；把普通百姓遣散回家种地；还要把他们的营寨拆了，别让他们再聚到一块儿。我们打仗不是为了抢地盘、屠城，关键是要平定叛乱、安抚百姓。那些将领不是不会打仗，就是太爱抢劫。你向来擅长管理军队，一定要管好手下，别再让郡县的百姓遭殃了！”冯异磕头领命，随后就带兵西进，他每到一处都树立起了威信，很多盗贼都投降了。

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司马光说：以前周人歌颂周武王的德行说：“铺陈时政，思考安定。”意思是王者的军队，目的是展示威德、安抚百姓。看看刘秀平定关中的做法，就是这个道理，这多好啊！

此外，刘秀还下诏把邓禹召回来，说：“千万别和走投无路的敌人硬拼！赤眉军没吃的了，肯定会向东撤退。咱们以饱待饥、以逸待劳，收拾他们易如反掌，这事儿不用你们操心，别再轻易出兵了！”

刘秀又任命伏隆为光禄大夫，让他再去见张步，封张步为东莱太守，还让他和新任命的青州牧、郡守、都尉一起向东出发，还允许伏隆自行任命县令、县长以下的官员。

到了十二月，刘秀就下诏恢复那些被王莽废除封国的汉室宗亲列侯的地位。

这个时候，三辅地区却闹起了大饥荒，又出现了人吃人的景象，导致城里空荡荡的，田野里全是白骨。而那些侥幸活下来的百姓只能聚在一起建造营寨，同时坚壁清野。赤眉军抢不到东西，只好向东撤退，这时他们还有二十多万人，不过一路上人越走越少。刘秀就派破奸将军侯进等人在新安驻扎，建威大将军耿弇等人在宜阳驻扎，拦住赤眉军的退路，还下令给将领们说：“要是贼军向东撤，宜阳的军队就去新安会合；要是贼军向南撤，新安的军队就去宜阳会合。”冯异在华阴和赤眉军碰上了，双方对峙了六十多天，打了几十仗，最后冯异收降了五千多赤眉军。