公元30年的春季正月，刘秀下令将舂陵乡改为章陵县，并规定章陵县的百姓世世代代免除徭役，待遇与刘邦的故乡丰县和沛县相同。
吴汉等人在攻占了朐城后，就斩杀了董宪和庞萌，随着这二人的死亡，江淮和山东地区就全部被平定了。等所有将军都返回京师后，刘秀就开始设宴庆功，并对他们进行赏赐。
庆功宴结束后，刘秀就想着要制定统一天下的战略，因为他长期受到了战争的迫害，所以就想过太平日子。可他又考虑到隗嚣前段时间派儿子入朝来侍奉，公孙述又在遥远的边疆割据，于是就对诸将说：“暂且把这两个人放在一边，不必去理会他们。”接着就让诸将在洛阳休整，又把军队分派到河内去驻扎，并多次向陇、蜀地区送去了文书，告知他们割据一方的祸福得失。
公孙述也多次写信给中原，说自己是上天选中的人，想要借此迷惑众人。刘秀看完公孙述的信后，就写了封回信说：“图谶上说的‘公孙’，指的是汉宣帝。而取代汉朝的人姓‘当涂’，名‘高’；你难道是‘高’本人吗？你还以掌纹为祥瑞，王莽的做法有什么值得效仿的呢！你并不是汉朝的乱臣贼子，只是想在乱世中为自己谋利的人罢了。如今你年事已高，妻子儿女力量薄弱，你应当早做打算。天下是神器，不可用武力去争夺，希望你三思而行！”信末署名“公孙皇帝”。但是公孙述没有回复。
公孙述的骑都尉平陵人荆邯就劝他说：“汉高祖刘邦从行伍中起家，多次兵败被困，但每次失败后都能重新振作起来，伤口愈合后就继续战斗。这是为什么呢？因为冒死战斗获得成功，比起退缩得到灭亡要好的多！隗嚣是遇到了好时机，又占据了雍州，现在兵强马壮的，天下的士人也都归附他，他的威望传到了山东地区；但他遇到更始帝朝政混乱，又失去了天下，导致百姓对他很失望，全国又陷入了土崩瓦解的境地。而隗嚣却没有趁机去争夺天下，反而想做西伯侯那样的霸主，他尊崇儒学，招揽天下贤士，还停止了对外的战争，又卑躬屈膝的侍奉汉朝，还觉得自己可以像周文王那样复兴！如今汉朝皇帝已经解除了关、陇地区的忧患，现在就专心攻打东边的贼寇，天下四分他已占其三；如果再派使者招揽西州的豪杰，让他们心向山东，那么天下五分他已占其四；如果在出兵天水，必然会导致隗嚣的政权崩溃，天水一旦平定，那天下九分他就已占其八。现在陛下您占据梁州之地，对内要侍奉皇帝，对外要供养三军，百姓要是生活困苦，那就难以承受朝廷的命令，到时恐怕会有像王莽那样自取灭亡的变故发生！依臣的愚见来看，您应当趁着天下人还没有对您完全失望、豪杰之士尚可招揽之时，立即发动国内的精兵强将，再命令田戎占据江陵，控制江南的交通要地，让他依托巫山的险固，构筑营垒进行坚守，最后向吴、楚地区发布檄文，这样一来，长沙以南的地区必定会望风而降。然后再命令延岑从汉中出兵，迅速的平定三辅地区，天水、陇西地区自然会归顺。这样一来，就会使天下震动，我们就有机会去谋求更大的利益了。”对此，公孙述就询问大臣们的意见，博士吴柱说：“当年，周武王讨伐商纣时，八百诸侯不约而同地支持他，但他还是等待天命成熟后才行动。我还从未听说过没有周围邻居的帮助，就要出兵千里之外的事情。”荆邯说：“如今刘秀没有稳固的根基，率领着一帮乌合之众，却能所向披靡，如果我们不趁此时机与他争夺天下，反而在这谈论武王伐纣的故事，那就是在效仿隗嚣想做西伯侯了。”公孙述十分赞同荆邯的建议，就打算调动北军和山东的客兵，又命令延岑、田戎分两路出兵，让他们和汉中的兵马汇合。但是，蜀地的百姓和他的弟弟公孙光却认为不应该出动全国的兵力进行远征，并将事情的成败寄托于一次战斗，所以就坚决反对出兵，公孙述就放弃了这个大好机会。而延岑、田戎就多次请求出兵攻打刘秀，想要建立不世功勋，可是公孙述一直犹豫不决，最后只有公孙氏的人得到了重用。随后的日子里，公孙述又废除了铜钱，开始改用铁钱，这直接导致货币无法流通，搞得百姓生活过得苦不堪言。此外呢，他处理政事又十分的苛刻，非常看重一些鸡毛蒜皮的小事，就像他担任清水县令时一样。他还喜欢更改郡县里的官名。他年轻时曾担任郎官，所以十分熟悉汉朝的典章制度，他出入时都要使用法驾，又以绣着鸾鸟的大旗、枪杆上挂着牦牛尾的骑士作为前导。他还封自己的两个儿子为王，又把犍为、广汉的几个县作为他们的食邑。这时有人就劝他说：“现在事情的成败还没有定下来，战士们都在外面拼死战斗，而您却先封自己的儿子为王，这就显得您没有大志向！”但是公孙述不听，因此大臣们心里就开始有了不满的情绪滋生。
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这时的冯异从长安来到洛阳朝见刘秀，刘秀就对公卿们说：“这是我起兵时的主簿，为我披荆斩棘，平定了关中。”等宴会结束后，刘秀就赏赐了冯异珍宝、钱帛，并下诏说：“当年在仓促之中，你在芜蒌亭给我豆粥喝，又在虖沱河给我麦饭吃，你的这份深情厚谊我一直都没有报答。”冯异却叩首谢恩说：“臣听说管仲曾对齐桓公说：‘愿君不要忘记射钩之仇，臣不要忘记槛车之辱。’齐国这才因此强盛起来。臣今天也希望国家不要忘记河北的艰难，臣也不敢忘记陛下在巾车乡的恩情。”冯异在京城停留了十多天后，刘秀就让他带着妻子儿女返回了关中。
就在冯异回去的同时，申屠刚和杜林两人从隗嚣那里来到了朝廷，刘秀就任命他们为侍御史，随后又任命郑兴为太中大夫。
本年三月，公孙述就派田戎从江关出发，沿途招揽旧部，想要攻取荆州，但是没有成功。刘秀于是就下诏给隗嚣，说他打算从天水出兵伐蜀。隗嚣却上书说：“白水关道路险阻，加上栈道又被毁坏了，所以很难通过。公孙述性情严酷，导致上下离心离德，我们应当等他罪恶昭彰时再进攻，这样才会有一呼百应的效果。”刘秀知道隗嚣最终不会为自己所用，所以就开始谋划讨伐他的事情。
到了夏季四月，刘秀就前往长安，去拜谒汉朝先祖的陵墓；又派了耿弇、盖延等七位将军借道陇西讨伐蜀地，他先派中郎将来歙带着朝廷的玺书去劝谕隗嚣。可隗嚣还是犹豫不决，事情就被拖延了很久。这时，来歙就愤怒地质问隗嚣说：“陛下认为你是一个明辨是非的贤士，能够懂得兴盛和废驰的道理，所以陛下才亲自写信表达自己的诚意。你既然已经派了隗恂入朝为人质，那为何还要听信谗言，做出灭族的打算？”说完，来歙就想要刺杀隗嚣。结果隗嚣起身躲入了内室，又命令士兵包围了来歙，最后来歙手持符节从容地登车离去。看他这么嚣张，隗嚣就派牛邯率兵围住了来歙。隗嚣的部将王遵劝谏说：“来歙虽然是一个人来出使，但他是陛下的表兄，若是杀了他，不仅对汉朝没有损失，反而会为我们招来灭族之祸。当年宋国扣押了楚国的使者，结果招致了析骸易子的惨祸。小国尚且不可侮辱，更何况是万乘之君呢？再说了，隗恂的性命可还在汉朝手中呢！”来歙为人恪守信义，言行一致，游说时都能按照事实说话办事；西州的士大夫都非常的信任敬重他，很多人都为他说话，因此他才得以安全东归。
五月，刘秀就从长安返回了洛阳。
最终，隗嚣还是发兵反叛了，他派王元占据陇坻，又砍伐树木堵塞住了道路。诸将与隗嚣进行了一场大战，结果没打赢，于是就各自率兵退下了陇山；隗嚣着急忙慌的去追击，结果遇到马武挑选的精锐骑兵断后，斩杀了数千人，诸军这才得以安全撤回。
到了六月，刘秀就下诏说：“朝廷设立官职和任命官吏，是为了服务百姓的。如今百姓遭受了灾难，导致人口减少，而县级官吏的职位设置还是很多。现在命令司隶校尉和各州牧核实所管辖区域的人数，要减少官吏的人数，要是有县和侯国中的人数达不到设置长吏的标准，就应该合并在一起。”这番操作下来，直接合并了四百多个县，导致官吏的职位大幅减少，只保留了原来的十分之一。