刘秀又下令让窦融带着河西五郡的太守来洛阳朝见。窦融他们接到命令就出发了，一路上跟着他们的官员、宾客，车马有一千多辆，马牛羊漫山遍野。等到了洛阳，窦融就主动跑到城门口，把自己的印信绶带交了上去。结果刘秀派人把侯爵印信绶带还给了他，还专门接见了窦融，给他的赏赐和恩宠直接轰动了整个洛阳城。没过多久，刘秀就任命窦融当冀州牧，还让梁统当太中大夫，姑臧县县长孔奋当武都郡丞。姑臧县在河西地区特别富裕，当时全国还没有完全安定下来，很多当官的都品行不端，在县长任上没几个月就能捞一大笔钱。可孔奋在姑臧当了四年县长，一直清正廉洁，反倒被其他人嘲笑，说他守着这么个“油水地”却不会给自己捞好处。等他跟着窦融到了洛阳，就看到其他郡守、县令拉着一车车的财物，到处都是，只有孔奋除了一辆车，啥财产都没有。刘秀知道后，反而特别赞赏他。刘秀还任命睢阳县令任延当武威太守，在召见他的时候，特意叮嘱说：“你要跟上级处理好关系，别把名声搞坏了。”任延却回答说：“陛下，臣听说忠诚的臣子不会跟人搞一团和气，跟人一团和气的臣子不一定忠诚。坚持正道、秉公执法，才是臣子该有的操守。要是下级都对上级唯唯诺诺，那可不是陛下的福气。陛下说要好好侍奉长官，我实在不敢听从。”刘秀听了，就感叹道：“你说得对！”
公元37年的春季，正月初一，大司徒侯霸去世了。
到了月底，刘秀就下诏说：“以后各郡和封国别再给自己进贡山珍海味了，太官也不许收。但远方进贡用来祭祀宗庙的食物，还按老规矩办。那会儿有人给刘秀进献能日行千里的好马，还有价值百两黄金的宝剑，刘秀转手就把宝剑赏给了骑士，还让好马去拉皇家的鼓车。刘秀平时不喜欢听音乐，也不爱摆弄珍珠宝玉。有一回他出去打猎，到了夜里才回来，上东门的守卫郅恽愣是不开城门。刘秀就让人从门缝里跟郅恽打招呼，郅恽说：“这黑灯瞎火的，我看不清是不是皇上您。”死活就是不给开门。刘秀没办法，就只好绕路从东中门进城。到了第二天，郅恽就上书批评刘秀说：“以前周文王都不敢沉迷打猎，一门心思为百姓办事。现在陛下却跑到山林里打猎，还日夜不归，这对国家社稷有啥好处？”刘秀看了奏章，就赏了郅恽一百匹布，还把给自己开东中门的守卫贬去当参封县尉了。
二月，刘秀就派捕虏将军马武带兵驻扎在滹沱河，防止匈奴来犯。卢芳带兵去攻打云中，结果打了好久都没打下来。他手下的将领随昱留守九原，就想逼卢芳投降刘秀。卢芳知道后，就带着十几个骑兵逃到匈奴那边去了，他剩下的部下都归顺了随昱，随昱也顺势跑到刘秀这儿投降了。刘秀看到他这么为大局着想，就封他当了五原太守，还给了他镌胡侯的爵位。
这时，朱祜就跟刘秀说：“古时候，臣子受封，没有封王爵的。”丙辰这天，刘秀就下诏书，把长沙王刘兴、真定王刘得、河间王刘邵、中山王刘茂都降成侯。丁巳日这天，又把赵王刘良封为了赵公，太原王刘章封为了齐公，鲁王刘兴封为了鲁公。在当时，皇室宗亲里被封的侯，以及那些封国断绝的，加起来有137人。富平侯张纯是张安世的四世孙，王莽那会儿，因为为人谨慎、恪守规矩，所以才保住了封号；刘秀刚称帝的时候，他第一个来投奔，所以也被封了侯。后来就有官员上奏说：“不是皇室宗亲的列侯，不该再有封国。”可刘秀说：“张纯在宫里守卫了十多年，不能废了他的封号！”于是就把他改封为武始侯，封地只有原来富平的一半。到了庚午日，刘秀又封绍嘉公孔安为宋公，承休公姬常为卫公。
本年三月，刘秀任命沛郡太守韩歆当大司徒。过了几天，之前代理大司空的马成，又重新当回了扬武将军。
吴汉平定蜀地后就班师回朝了，等他走到宛城的时候，刘秀就让他先回家祭祖，还赏了他两万斛谷物。到了四月，吴汉终于是回到了京城。随后，刘秀就大摆宴席犒劳将士，还给365位功臣增加封地或者改封，外戚和靠皇恩受封的有45人。最后，刘秀定下来，封邓禹为高密侯，封地有四个县；李通为固始侯，贾复为胶东侯，封地有六个县；其他人也都按功劳大小给了不同的封赏。已经去世的功臣，就给他们的子孙增加封地，或者改封旁系亲属。刘秀因为在军队里待了太久，早就腻了打仗，他也知道天下百姓都累得不行了，就盼着能过安稳的日子。所以，自从陇、蜀两地平定以后，要不是出了紧急情况，他都不提打仗的事儿。有一次，皇太子就问他打仗的事儿，刘秀说：“以前卫灵公问孔子打仗的事，孔子都不回答。所以这不是你该操心的事。”邓禹和贾复也看出刘秀不想再打仗，就打算发展文化，也不想让功臣们在京城里手握重兵，于是就交出了兵权，专心去研究儒学。刘秀也琢磨着，得保住功臣们的爵位和封地，别让他们因为当官犯错误，就把左、右将军的官职给废除了。耿弇等人也主动上交了大将军、将军的印绶，最后都以列侯的身份回家了，刘秀又给他们加封特进的荣誉头衔，让他们可以参加朝会。邓禹这人品性纯良，有十三个儿子，他让每个儿子学一门手艺，还把家里管得井井有条，教育子孙也很有一套，全家就靠着封邑过日子，也不搞其他产业。贾复性格刚正，非常看重气节，回家后就闭门不出，低调做人。朱祜等人推荐贾复当宰相，可这时的刘秀已经国家大事交给了三公处理，所以功臣们都没再被重用。在当时，只有邓禹、李通、贾复这三位侯爵能跟公卿一起商量国事，深受刘秀的厚待。刘秀虽然约束功臣，但对他们的小过错经常睁一只眼闭一只眼。各地进贡的好东西，刘秀都先分给诸侯，太官那儿反而没剩多少，所以功臣们都能安享荣华富贵，没人被诛杀或斥责。
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益州把公孙述留下的盲人乐师、祭祀用的乐器、装饰华丽的车子都送到了京师，皇家的礼乐仪式用品这下才算齐全。现在仗不打了，国家要处理的事儿也少了，公文往来和征调劳役能省就省，比以前减少了十分之九。
接下来，刘秀就任命冀州牧窦融做大司空。窦融觉得自己不像那些很早就追随刘秀打天下的老臣，现在突然进入朝廷，官职还在众多功臣之上，心里就很不踏实。所以每次被刘秀召见时，他的态度都特别恭敬，说话也小心翼翼的，生怕有一点不妥之处，而刘秀反而因此对他越发亲近优待。
窦融这人做事一贯小心谨慎，长时间处于高位，心里总是七上八下的。他好几次向刘秀提出辞去官职爵位，还上奏章说：“我窦融有个儿子，我每天都督促他学习儒家经典，从不让他去研究天文知识，也不让他读那些谶纬预言的书。我就盼着他能老老实实、规规矩矩的，本本分分走正道，压根不指望他有啥特别出众的才能，更没想过让他继承我的封地，享受诸侯王那样的待遇。”之后，窦融还想找机会单独面见刘秀，当面再提辞职的事儿，可刘秀一直没答应。
有一次朝会结束，别人都走了，窦融却留在原地磨磨蹭蹭的不想走。刘秀一看就明白他还是想辞职，这次没等他开口，刘秀就示意身边的侍从把他“请”出去了。过了几天，两人再次见面，刘秀直接就对窦融说：“前几天我就知道你想辞官、还封地，所以故意让你趁着天热好好休息休息。今天咱们见面，就聊点别的，辞职这事儿以后你就别提了。”窦融听刘秀都把话说到这份上了，也就不敢再提辞职的事儿了。
公元38年的夏季，邛谷王任贵派遣使者呈上三年的计簿，随即他就被任命为越巂太守。