王敦拥兵自重，不仅不去朝见元帝，还放纵士兵大肆劫掠，宫廷官署的人都逃散了，只有安东将军刘超按兵不动，在宫中护卫，还有两位侍中陪伴在元帝身边。元帝脱下军装，换上朝服，环顾四周说：“想要我的皇位，就该早点说！何至于把百姓害到这个地步！”又派使者对王敦说：“您如果还没有忘记本朝，就在这里停止用兵，那么天下还可以共同安定。如果不是这样，我就回到琅邪去为贤人让路。”
刁协、刘隗战败后，一同进入宫中，在太极殿东阶见到元帝。元帝握着刁协、刘隗的手，流泪呜咽，劝他们躲避灾祸。刁协说：“臣应当死守，不敢有二心。”元帝说：“现在事情紧迫，怎能不走呢！”于是下令给刁协、刘隗人马，让他们自己想办法。刁协年老，不能骑马，加上他一向没有恩德，招募随从，大家都抛弃了他，走到江乘时，被人杀死，首级被送给了王敦。刘隗投奔后赵，官做到太子太傅才去世。
元帝命令公卿百官到石头城去见王敦，王敦对戴渊说：“前几天的战事，你还有余力吗？”戴渊说：“岂敢有余力，只是力量不足罢了！”王敦说：“我这次的举动，天下人认为怎么样？”戴渊说：“只看表面的人会说这是叛逆，体察诚心的人会说这是忠诚。”王敦笑着说：“你可真会说话。”又对周顗说：“伯仁，你辜负了我！”周顗说：“您发兵冒犯朝廷，下官亲自率领六军，却不能完成使命，使得朝廷军队战败奔逃，因为这个辜负了您。”
辛未日，朝廷大赦天下。任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公；王敦一并辞让不接受。
当初，西晋都城覆没时，各地都劝元帝登基。王敦想独掌国政，顾忌元帝年长难以控制，想重新商议另立君主，但王导不同意。等到王敦攻克建康，对王导说：“不听我的话，几乎导致家族覆灭。”
王敦因为太子有勇有谋，被朝廷内外所拥戴，想诬陷他不孝而废黜他。他大规模召集百官，问温峤说：“皇太子凭什么德行着称？”语气和神色都很严厉。温峤说：“太子能探取深远的道理，大概不是浅薄之人所能估量的。从礼义方面来看，可以说是孝顺了。”众人都认为确实如此，王敦的计谋于是受挫。
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元帝在广室召见周顗，对他说：“近来的大事，两宫（皇宫和东宫）安然无恙，众人平安，大将军固然符合大家的期望吧？”周顗说：“两宫确实像陛下所说的那样安然，臣等的命运还不知道呢。”护军长史郝嘏等人劝周顗躲避王敦，周顗说：“我身为大臣，朝廷衰败，难道能再在民间苟且偷生，到外投靠胡、越异族吗！”王敦的参军吕猗，曾经做过朝廷的郎官，本性奸诈谄媚，戴渊担任尚书时，十分厌恶他。吕猗劝王敦说：“周顗、戴渊，都有很高的名望，足以迷惑众人，近来他们的言谈，竟没有一点惭愧的神色，您不除掉他们，恐怕必定会有再次起兵的忧患。”王敦一向忌恨这两个人的才能，心里很赞同吕猗的话，他不动声色地问王导说：“周顗、戴渊是南北众人所仰望的人物，应当登上三司之位是毫无疑问的吧。”王导不回答。王敦又说：“如果不能担任三司，只该担任尚书令、仆射吗？”王导还是不回答。王敦说：“如果不能那样，就该杀掉他们！”王导仍然不回答。
丙子日，王敦派部将陈郡人邓岳拘捕周顗和戴渊。在此之前，王敦对谢鲲说：“我会任命周伯仁为尚书令，戴若思为仆射。”这天，又问谢鲲：“近来人心怎么样？”谢鲲说：“明公的举动，虽然是想尽力保全国家，但众人的议论，实在没有理解您的高深道义。如果真能起用周顗、戴渊，那么大家的情绪就会安定了！”王敦发怒说：“你太粗疏了！这两个人不适合任用，我已经拘捕他们了！”谢鲲听后惊愕不已，不知所措。参军王峤说：“‘人才济济，文王因此安宁。’怎么能杀戮名士呢！”王敦大怒，想杀掉王峤，众人没人敢说话。谢鲲说：“明公发动大事，没有杀戮一个人。王峤因为进献忠言违背了您的旨意，就要被杀掉祭鼓，不也太过分了吗！”王敦于是放了王峤，把他贬为领军长史。王峤是王浑的同族孙子。
周顗被拘捕时，路过太庙，大声说：“贼臣王敦，颠覆国家，枉杀忠臣。神灵如果有灵，应当赶快杀掉他！”拘捕他的人用戟刺伤他的嘴，血流到脚跟，他的神态举止依然从容自若，看到的人都为他流泪。周顗和戴渊一起在石头城南门之外被杀死。
元帝派侍中王彬犒劳王敦。王彬一向和周顗交好，先去哭吊周顗，然后才去见王敦。王敦见他神色悲伤，就觉得奇怪，就问他原因。王彬说：“刚才哭吊伯仁（周顗），感情上控制不住。”王敦发怒说：“伯仁是自找杀身之祸；况且一般人对待你，你为什么要这么悲哀地哭他？”王彬说：“伯仁是忠厚长者，是兄长您的亲友；他在朝廷上虽然不是直言敢谏的人，也不是结党营私之辈，大赦之后却遭到极刑，所以我感到悲伤惋惜。”接着愤怒地数落王敦说：“兄长你举着旌旗冒犯朝廷，杀戮忠良，图谋不轨，灾祸将会连累家族了！”言辞十分慷慨，声泪俱下。王敦大怒，厉声说道：“你狂妄悖逆到这种地步，以为我不能杀你吗！”当时王导也在座，为他感到害怕，劝王彬起身谢罪。王彬说：“我脚痛不能下拜！而且这又有什么可谢罪的！”王敦说：“脚痛比得上颈痛吗！”王彬毫无惧色，最终不肯下拜。
王导后来整理中书省的旧档案，才看到周顗营救自己的奏表，拿着它流泪说：“我虽然没有杀伯仁，但伯仁却是因我而死，幽冥之中，我辜负了这位好朋友啊！”
沈充攻克吴国，杀死内史张茂。
当初，王敦听说甘卓起兵，非常害怕。甘卓哥哥的儿子甘卬是王敦的参军，王敦派甘卬回去对甘卓说：“您这样做自然是尽臣子的气节，我不责怪您。我是因为家里的急难，不得不这样做。希望您能撤回襄阳的军队，我们还能重新结好。”甘卓虽然仰慕忠义，但性格多疑，缺乏决断，驻军在猪口，想等待各方一同出兵，滞留几十天不前进。王敦占领建康后，就派朝廷使者拿着驺虞幡（象征停止军事行动的旗帜）让甘卓停止进军。甘卓听说周顗、戴渊被杀，流着泪对甘卬说：“我所担忧的，正是今天这种情况。况且只要圣上平安，太子无恙，我驻守在王敦的上游，也不敢轻易危害国家。如果我径直占据武昌，王敦形势危急，必定会劫持天子来断绝天下人的期望，不如返回襄阳，再考虑以后的计划。”随即下令撤军。都尉秦康和乐道融劝甘卓说：“现在分兵截断彭泽，使王敦上下不能互相救援，他的部众自然会离散，一次战斗就能擒获他。将军发动义兵却中途停止，我私下认为将军不该这样做。况且将军部下的士兵各自追求利益，想要西撤，恐怕也未必能如愿。”甘卓不听。乐道融日夜哭泣劝谏，甘卓还是不听；乐道融最终忧愤而死。甘卓本性宽容温和，突然变得强硬固执，径直返回襄阳，神情烦躁不安，举动失常，有见识的人知道他将要败亡了。
王敦任命西阳王司马羕为太宰，加授王导尚书令，王廙为荆州刺史；更换百官和各军镇的官员，被调动、贬黜、免职的有几百人；有时早上的决定傍晚就改变，全凭他的心意。王敦将要返回武昌，谢鲲对他说：“您到都城以来，称病不朝见天子，因此虽然建立了功勋，人心却未能真正归顺。现在如果朝见天子，让君臣之间消除隔阂，那么众人的情绪就都会悦服了。”王敦说：“你能保证不会发生变故吗？”谢鲲回答说：“我近日入宫觐见，主上侧身而坐，期待见到您，宫廷内外安定，必定不会有什么可担心的。您如果入朝，我请求陪同前往。”王敦勃然大怒说：“就算再杀你们几百人，对时局又有什么损害！”最终没有朝见天子就离去了。夏季，四月，王敦回到武昌。当初，宜都内史天门人周级听说谯王司马承起兵，就派他哥哥的儿子周该暗中前往长沙，向司马承表示忠诚。魏乂等人加紧攻打湘州，司马承派周该和从事邵陵人周崎秘密出城求救，但都被巡逻的人抓获。魏乂让周崎告诉城中人，说大将军已经攻克了建康，甘卓返回襄阳，外援已经断绝。周崎假装答应，到了城下，却大声呼喊：“援兵很快就到，你们要努力坚守！”魏乂于是杀了他。魏乂拷问周该直到他死去，周该最终没有说出原因，周级因此得以幸免。
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魏乂等人的进攻日益紧迫，王敦又把俘获的朝廷官员的书信送过来，让魏乂用箭射进城中给司马承看。城中人知道朝廷已经失守，无不感到沮丧惋惜。双方相持将近一百天，刘翼战死，士兵死伤无数，尸体堆积如山。癸巳日，魏乂攻克长沙，司马承等人都被擒获。魏乂将要杀虞悝，他的子弟对着他号啕大哭。虞悝说：“人生总会有一死，现在全家都做忠义之鬼，又有什么遗憾的呢！”
魏乂用囚车押送司马承和易雄前往武昌，他们的属官都逃散了，只有主簿桓雄、西曹书佐韩阶、从事武延，换上仆役的衣服，跟随司马承，不离左右。魏乂见桓雄姿态容貌、言行举止非同常人，心里十分忌惮，于是就杀了他。韩阶、武延却更加坚定地追随司马承。荆州刺史王廙秉承王敦的旨意，在途中杀死了司马承，韩阶、武延送司马承的灵柩到都城，安葬后才离去。易雄到了武昌，意气慷慨，毫无惧色。王敦派人把他当初列举王敦罪状的檄文给他看，并责备他，易雄说：“这些事确实有过，可惜我职位低微，力量弱小，不能挽救国家的危难。今天去死，本来就是我的心愿！”王敦忌惮他言辞正直，就释放了他，让他回到住处。众人都来祝贺，易雄笑着说：“我怎么能活下去！”不久王敦派人暗中杀了他。
魏乂急切地寻找邓骞，同乡人都为他担忧，邓骞笑着说：“这是想任用我罢了，他刚占领湘州，杀了很多忠良之士，所以找我来安抚人心。”于是去见魏乂。魏乂高兴地说：“您是古代的解扬（春秋时坚守信义的使者）啊。”随后便任命他为别驾。
朝廷下诏任命陶侃兼湘州刺史；王敦上奏让陶侃重新返回广州，加授散骑常侍。
甲午日，前赵的羊后去世，谥号为献文。
甘卓的家人都劝他防备王敦，甘卓不听，把士兵全部遣散去种地，听到劝谏就发怒。襄阳太守周虑秘密接受王敦的旨意，谎称湖中有很多鱼，劝甘卓派身边的人都出去捕鱼。五月，乙亥日，周虑率兵在寝室袭击甘卓，杀了他，把首级传给王敦，同时杀了他的几个儿子。王敦任命从事中郎周抚统领沔北诸军事，代替甘卓镇守沔中。周抚是周访的儿子。
王敦得志后，就变得更加残暴傲慢，各地的贡品大多送入他的府中，将相和地方大员都出自他的门下。他以沈充、钱凤为主要谋士，对这两个人言听计从，被他们诬陷的人没有不死的。又以诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍为爪牙。沈充等人都凶狠险恶、骄横放纵，大规模修建营府，侵占别人的田地住宅，在街市上抢劫掠夺，有识之士都知道他们将要败亡。
秋季，七月，后赵中山公石虎攻克泰山，擒获了徐龛，并把他押送到了襄国；后赵王石勒把他装在布袋里，从百尺高的楼上摔死，又命令王伏都等人的妻子儿女把他的尸体割碎吃掉，并活埋了他的三千名降兵。
兖州刺史郗鉴在邹山驻守三年，拥有部众几万人。由于战争不断，百姓饥饿，只能挖野鼠、藏在洞穴里的燕子来吃，后赵军队进逼，他退守合肥。尚书右仆射纪瞻认为郗鉴有高尚的声望和清白的品德，适合在朝廷任职，上疏请求征召他；于是朝廷征召郗鉴为尚书。徐州、兖州之间的许多坞堡大多投降后赵，后赵设置地方长官安抚他们。
王敦自己兼任宁、益二州都督。
冬季，十月，己丑日，荆州刺史武陵康侯王廙去世。王敦任命下邳内史王邃都督青、徐、幽、平四州诸军事，镇守淮阴；卫将军王含都督沔南诸军事，兼任荆州刺史；武昌太守丹杨人王谅为交州刺史。让王谅拘捕交州刺史修湛、新昌太守梁硕，并把他们杀掉。王谅诱杀了修湛。梁硕起兵在龙编包围了王谅。
祖逖死后，后赵多次侵犯黄河以南地区，并攻克了襄城、城父，包围了谯城。豫州刺史祖约不能抵御，只好退守寿春。后赵于是夺取了陈留，梁国、郑州之间又陷入了混乱。
十一月，朝廷任命临颍元公荀组为太尉；辛酉日，荀组去世。