汉元帝自青年时期就疾病缠身，这使得他难以承担繁重的政务，不得不寻找代理人来帮他处理朝政。在朝臣与宦官之间，他最终选择了宦官石显。汉元帝觉得宦官没有家室，不会在外勾结朋党，比较可靠，于是便将尚书台的决策权交给了石显。

这一决定，无疑是引狼入室。石显本就是个野心勃勃的人，得到权力后，他开始利用元帝的信任，大肆排除异己，构陷朝中正直的大臣。萧望之就是他的第一个目标，萧望之是当时的儒学领袖，为人正直，敢于直言进谏，对石显的专权行为十分不满。石显便联合外戚史高，设计陷害萧望之，最终导致萧望之被迫自杀。

萧望之的死，震惊了整个朝廷，也让石显的权势达到了顶峰。此后，他更是肆无忌惮地安插亲信，把持朝政，甚至连丞相匡衡、御史大夫张谭都要对他俯首称臣，史载石显“贵幸倾朝，百僚皆敬事显”，曾经高度集中的皇权，就这样在不知不觉中被石显侵蚀架空。

而就在宦官势力如日中天的时候，外戚王氏也开始崛起。汉元帝的皇后王政君，出身于名门望族，她的家族借着“椒房之亲”的身份，在朝廷中迅速扩张势力。其兄王凤担任卫尉，掌握宫廷宿卫；堂弟王商官至御史大夫，参与中枢决策。王氏家族虽然在当时还没有直接觊觎皇位，但他们已经在朝堂上编织起了一张庞大的关系网，与宦官势力相互勾结、相互倾轧，共同将西汉的官僚体系推向了腐败的深渊。

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汉元帝虽然也察觉到了权力结构的异化，但他却始终犹豫不决，既不忍心对石显下手，也无法有效遏制外戚势力的膨胀。他的优柔寡断，使得朝廷内部的斗争愈发激烈，政治环境愈发黑暗，整个国家陷入了一片混乱之中。

汉元帝在位的16年间，可谓是天灾不断。据《汉书·元帝纪》记载，这期间发生了较大的水旱灾害9次，地震4次，蝗灾3次。这些自然灾害，对以农业为主的西汉社会来说，无疑是沉重的打击。

面对灾荒，汉元帝也采取了一些救济措施，比如将皇家苑囿的土地分给贫民耕种，免除受灾地区的租税，由官府向灾民提供无息贷款，甚至命令宫廷减少用度以节省开支。这些举措在一定程度上缓解了部分危机，但却无法从根本上解决问题。

更糟糕的是，汉元帝在儒生“与民争利”的谏言下，于初元五年（前44年）废除了常平仓制度。常平仓制度是由桑弘羊创立、宣帝完善的一项粮食储备制度，其作用是在谷贱时增价收购粮食储存，在谷贵时减价出售粮食，以此来平抑粮价，遏制投机行为。常平仓制度的废除，使得粮食市场失去了有效的调控，灾年时粮价暴涨，豪强们趁机囤积居奇，兼并土地，大量农民被迫流离失所，社会矛盾日益尖锐。

到了汉元帝后期，“关东流民二百万口，无名数者四十万”的记载，深刻揭示了理想主义政策背后的民生代价。曾经繁荣昌盛的西汉王朝，在天灾与人祸的双重打击下，已经是千疮百孔，摇摇欲坠。