这世上事情总是一波未平一波又起，早在汉武帝执政时期，就在南越设置了两个郡，这两个郡分别为珠厓、儋耳。由于这两个郡位于海岛之上，朝廷派去的官吏就经常欺压当地的百姓，而当地民风剽悍，自认为他们远离朝廷，所以就频繁地违反朝廷律令，几乎每隔几年就要发动一次叛乱，杀害朝廷派去的官吏，朝廷也多次出兵平叛。在宣帝执政时期，就发生了两次叛乱。到元帝即位的第二年，珠厓山南县的百姓再次反叛，依照惯例朝廷就派兵去征讨，没想到的是，此次征讨却引发了其他县的叛乱，导致战事持续多年无法平息。
看到南越战事陷入胶着状态，元帝就和大臣们商量该怎么办，大多数人主张进行大规模的征讨。但是有个人却提出了反对意见，他就是贾捐之，也是贾谊的曾孙，他说：古代的圣王治理天下，都会选择以德服人的方式，不会强行扩张自己的领土。秦朝因为穷兵黩武，最终导致国家灭亡；孝文皇帝推行文治，使得百姓安居乐业；孝武皇帝四处征伐，导致天下动荡不安。如今关东地区的百姓生活困苦不堪，卖妻鬻子的现象那是屡禁不止，这才是国家面临的大患。珠厓郡地处偏远，生存环境恶劣，当地的百姓与禽兽没什么差别，实在不值得耗费大量的人力物力去征服，而且放弃珠厓郡并不会损害朝廷的威严，反而能够为国家节省开支，专心救济关东地区的灾民。听完贾捐之的建议，元帝就让丞相、御史讨论这些建议的可行性。经过一番讨论，御史大夫陈万年主张出兵征讨，丞相于定国则认为：此前征讨珠厓郡耗费巨大，死伤众多却没能平定叛乱，如今关东地区的局势不稳，所以贾捐之的建议更为稳妥一些。最终，元帝还是采纳了贾捐之的建议，放弃了对珠厓郡的征伐。贾捐之的远见卓识为朝廷避免了一场不必要的战争消耗。
公元前 46 年春天，元帝就颁布诏书说：珠厓的叛军杀害百姓、违反朝廷的律令，罪行实在是大逆不道。对于此事，朝中有人主张出兵征讨，有人建议坚守，也有人提议直接放弃对珠厓的管理，大家众说纷纭，难以达成共识。朕日夜思考这些建议，想到如果要维护朝廷的威严，就应该出兵诛杀叛军；如果因为畏惧困难而犹豫不决，那就应该选择屯田坚守；如果顺应时势的发展，就应该以天下百姓为重。相比之下，百姓的饥馑与远方蛮夷的不服，哪个危害会更大呢？况且如今遇到灾年，朕连宗庙祭祀都难以做到周全，又何必执着于这点耻辱呢？如今关东地区的百姓生活困苦，国库空虚，如果再兴兵征讨，不仅劳民伤财，还可能引发更大的灾难。因此，朕决定废除珠厓郡。当地百姓若是仰慕朝廷的仁义愿意归附，那朕也会对他们进行妥善安置；若是他们不愿意归附，那朕也绝不强迫。怎么感觉这话有点像是道德绑架呢？
四月末，茂陵的白鹤馆突然发生了火灾。元帝觉得这是上天降下的警示，随即就下令大赦天下，期望以此来安抚民心、消弭灾祸。然而，夏季又遭遇了旱灾，百姓的生活更是雪上加霜。
就在这样的背景下，元帝选择立长沙炀王的弟弟刘宗为长沙王，让他延续宗室的传承。而长信少府贡禹却上奏建议减少各离宫及长乐宫的守卫至少一半，以此来减轻百姓的徭役负担。到了六月，元帝就给他做了回复说：朕深知百姓的生活困苦不堪，他们被迫远离家人，从事一些非生产性的劳役，驻守着空荡荡的宫殿，这恐怕不符合阴阳调和的道理。因此，朕决定撤销甘泉宫、建章宫的守卫，让他们回乡务农。同时，百官也要厉行节俭，大家要踊跃进言，不必有所顾忌。
同年，元帝再次提拔周堪为光禄勋，任命周堪的弟子张猛为光禄大夫、给事中，他们二人深受元帝的信任，成为朝堂上的重要力量。
公元前 45 年春，正月，元帝前往甘泉宫祭祀泰畤，向上天祈求国泰民安；三月，又巡幸河东并祭祀后土，还赦免了汾阴的囚徒，以此太彰显皇恩浩荡。
公元前 44 年春，正月，元帝封周子南君为周承休侯，以此来表示对古代王室后裔的尊崇。三月，元帝巡幸雍地，然后又祭祀五畤。
到了夏季四月，参宿方向出现了彗星，古人认为这是天象在示警。元帝就采纳了儒生贡禹等人的建议，开始推行一系列的改革措施：下令太官每天减少对牲畜的屠宰数量，宫里的各项供应都要减半；精简皇帝的车马用度，只保留必要的配置；废除角抵戏、闲置的上林宫馆、齐地的三服官、北假的田官、盐铁官以及常平仓；取消对博士弟子的名额限制，鼓励更多人求学；百姓中如果有通晓一经的人，可以免除徭役；同时减省七十多项刑罚。
六月，长信少府贡禹被朝廷任命为御史大夫，他多次上书进谏，这种正直敢言的作风深受元帝的赞赏，许多建议也都被采纳。
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就在这时，匈奴又来搞事情了，郅支单于觉得自己待在偏远地带，又怨恨朝廷支持呼韩邪单于而不援助自己，就一直刁难朝廷派去的使者江乃始等人。同时，他还派使者向汉朝进贡，并请求接回在汉朝做人质的儿子。元帝与大臣们商议后，就决定派卫司马谷吉护送人质返回。而御史大夫贡禹、博士匡衡则认为：此时的郅支单于还没有完全归服，而且此去路途遥远，应该让使者将他的儿子送到边塞就返回。但谷吉却上书反驳说：中原与夷狄应该保持友好的关系，我们抚养他的儿子十年，可以说是恩情十分深厚了。现在若是半途而废，不仅抛弃了前恩，还会结下新怨。如今我凭借大汉的威仪，尊奉皇帝陛下的诏令前往，我想郅支单于应该不敢轻举妄动。即便他心怀恶意，杀害了我们，那他就会因为犯罪而向远处逃窜，不敢再靠近我朝边塞。如果牺牲我一个能够安定百姓，这是利国的计策，也是我的心愿，恳请陛下同意我将人质送单于的王庭。元帝最终同意了谷吉的请求。然而，谷吉到达后，郅支单于就直接把他杀了，这也算是圆了他的心愿。郅支单于也知道他的行为得罪了汉朝，又忌惮日益强大的呼韩邪单于，就打算远迁。该怎么说谷吉这个人呢？明知山有虎，偏向虎山行吗？
就在他准备向远方迁徙的时候，康居王却对他发出了邀请，想要联合他一起攻打乌孙，然后立他为王，康居王之所以这么做，就是想为自己找一个靠山，来杜绝被乌孙侵扰的情况。在接到康居王的邀请后，害怕的郅支单于欣然应允，于是就率部西行。再去康居的途中因为天气寒冷，导致他的部众死伤惨重，最后到达康居时仅剩下了三千多人。康居王把自己的女儿嫁给了郅支单于，郅支单于也将女儿嫁到了康居王室。在此之后，康居就借助郅支单于的势力胁迫周边的国家，郅支单于也多次借兵攻打乌孙，深入谷城，烧杀抢掠，乌孙也不敢追击，这就导致西部边境五千里的地区变得荒无人烟。
本年十二月，御史大夫贡禹就去世了。过了几天，长信少府薛广德被任命为御史大夫，接过了处理政务的重任。
公元前 43 年春，正月，元帝前往甘泉宫祭祀泰畤，祭祀结束后，就打算留在当地射猎。薛广德就上书劝谏说：臣看到关东地区的百姓生活困苦，流离失所，可陛下却每日沉溺于靡靡之音，臣深感痛心呐，这岂是圣明的君主所为。如今朝廷士卒在外奔波，随从官员也都疲惫不堪，恳请陛下尽快回宫，与百姓同甘共苦，这才是天下之福啊！结果元帝当天就返回了长安。
二月，元帝下诏要求丞相、御史推举质朴、敦厚、谦逊、有德行的人才，光禄勋每年也要按照这个标准考核郎官和从官，以选拔优秀的人才充实朝廷的官僚队伍，这就为朝廷的选官制度制定了一个标准，有了标准就好办事了。
三月，元帝宣布大赦天下，希望借此缓解日益剧增的社会矛盾，以此来稳定民心。
到了秋季，元帝准备举行宗庙酎祭仪式，出宫门时却想乘坐楼船。薛广德赶忙拦住车驾，脱帽叩首说到：陛下应该从桥上走！元帝让他戴上帽子起来说话，薛广德却坚持道：陛下若不听劝，我就自刎，用鲜血来染红车轮，让您无法入庙祭祀！这把元帝给整的十分不开心。就在这时，先驱光禄大夫张猛说：圣明的君主身边就应该有直臣，乘船出行有危险，走桥会更安全，陛下实在不该冒险，御史大夫的话还是很有道理滴。元帝这才改变主意，从桥上通过。