九月，天降霜冻毁坏了庄稼，又引发了全国性的大饥荒。丞相于定国、大司马兼车骑将军史高、御史大夫薛广德，都因为自然灾害频繁发生，主动请求辞官。元帝就赏赐给他们安车、驷马、黄金六十斤，最后批准他们退休。随后，太子太傅韦玄成就被任命为了御史大夫，承担起处理政务的重任。薛广德回乡后，就把元帝赏赐的安车悬挂起来，作为家族荣耀的象征，世代相传。
元帝在做太子时，曾经跟随太中大夫孔霸学习《尚书》。等他即位后，就赐封孔霸为关内侯，号褒成君，并任命为给事中。元帝一直想任命孔霸为丞相，但孔霸为人谦逊，又不喜欢权势，就一直推辞说：我何德何能才能承受如此高位！每次御史大夫职位空缺时，元帝就想任用他，孔霸都坚决辞让。元帝也是被他的诚意所打动，就不再勉强他担任重要职位了，反而对他更加敬重，赏赐也是没断过。随后，朝廷就任命侍中、卫尉王接为大司马、车骑将军，在朝堂上承担重要职责。
石显非常忌惮周堪、张猛等人，就多次在元帝面前诋毁他们。刘更生担心他们遭到陷害，就上书劝谏说：古代舜任命九官，大臣们和睦谦让，天下也是一片和谐景象，因此每当《韶》乐奏响的时候，凤凰就会飞来。而周幽王、周厉王时期，由于朝廷内斗不断，便出现了日食、月食等灾异景象。由此可见，和谐能够带来吉祥，冲突能够引发灾祸，吉祥多则国家安定，灾异多则国家危亡。如今陛下开创盛世，招揽人才，但朝堂上却是良莠不齐，谗言与忠言并存。那些奸邪之人结党营私，共同陷害正直的臣子。正直的臣子如果被重用，这就是是治世的标志；如果被陷害，那就是乱世的征兆。如今灾异频繁出现，正是因为谗邪当道。陛下常常多疑，任用贤能的人才后，如果遇到有人诋毁的情况，就轻易将他们罢退。陛下这种犹豫不决的态度，就为奸邪之人打开了大门。希望陛下能够借鉴历史经验，效法尧舜、周公，远离秦、鲁的混乱，放逐奸佞小人，重用贤能的人才，这样才能消除灾异，实现太平盛世。石显在看到奏章后，想要陷害忠良的心思就更坚定了，同时也对刘更生等人更加恨之入骨了。
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这年夏天，天气却异常的寒冷，太阳都黯淡无光。石显和许、史等人就趁机指责周堪、张猛等人处理政务不力。元帝虽然看重周堪，但也受到了众人言论的影响，一时间陷入了两难境地。
长安令杨兴因才能出众受到元帝的宠幸，而他经常称赞周堪。元帝就把他召来，询问：朝中大臣为何对周堪的意见这么大？杨兴这人善于迎合，他敏锐的察觉到了元帝的疑虑，就顺着说：周堪在朝廷和地方都不受欢迎，我听说他与刘更生等人密谋诽谤皇亲国戚，大家都认为他该被处死，我之前上书为他求情，是为国家考虑。元帝又问该如何处置合适，杨兴就建议说：可以赐给他关内侯的爵位和三百户食邑，但不让他参与朝政，这样既能体现陛下对老师的恩情，又能避免麻烦。可他的这番话却让元帝对周堪更加怀疑了。
司隶校尉诸葛丰以刚直着称，却也因此得罪了不少权贵。他因为在春夏季节拘捕犯人，被贬为城门校尉。诸葛丰为了报复，就上书控告周堪和刘猛。但是元帝并不认同他的控告，还下诏斥责他说：诸葛丰之前多次称赞周堪和刘猛，担任司隶校尉时却滥用刑罚、专横暴虐。朕实在不忍严惩，就将他贬职，可他却不知悔改，反而诬告他人。他的指控毫无证据，肆意诽谤，前后言行矛盾，实在不可信。朕念他年老，就免去官职，贬为庶人。同时，元帝还将周堪贬为了河东太守，刘猛贬为了槐里令，认为 “虽然可惜他们的才能，但也不得不做处理”。
司马光说道：诸葛丰对周堪、刘猛的先褒后贬，并非是为了朝廷的利益，想要铲除奸佞，而是为了攀附权贵，他与郑朋、杨兴这种人没什么区别，谈不上刚直。君主应该明辨是非、赏罚分明，若诸葛丰的指控属实，那就不应被贬；若是属于诬告，那周堪、刘猛又何罪之有？如今皇帝对双方都加以责罚，这实在让人难以理解评判标准何在。
贾捐之与杨兴关系好，贾捐之因为多次指责石显，所以迟迟得不到升迁，就很少能见到元帝，而杨兴却备受宠幸。有次贾捐之就对杨兴说：京兆尹的职位空缺，我若是能见到皇上，就推荐你，而你马上就能任职。杨兴也回应说：你的文笔天下无双，若是能担任尚书令，那肯定比五鹿充宗强得多。贾捐之兴奋地说：若是我能当上尚书令，你做京兆尹，我们二人一个掌管京城，一个统领百官，天下必定大治，人才也不会被埋没！但杨兴也不忘出言提醒：此时石显正得宠，皇上也非常信任他。如果你想升迁，就得先和他搞好关系。于是，两人就联名上书，极力称赞石显的美德，建议赐给他关内侯的爵位，并推荐他的兄弟担任要职；同时推荐杨兴担任京兆尹。石显在得知情况后，就向元帝告状。元帝就把二人抓进了监狱，还让石显去审理。完事后，石显就上奏说：杨兴和贾捐之心怀欺诈，互相吹捧，企图谋取高位，欺君罔上，罪大恶极！”最终，贾捐之被处死，杨兴则被剃掉头发戴上刑具，罚去做苦役。
司马光感慨道：君子用正道的手段去对抗邪恶之事，都未必能成功，更何况贾捐之用邪恶的手段对抗邪恶，怎能不招来灾祸呢？
这一年，朝廷将清河王刘竟改封为中山王，着手调整宗室的分封格局。匈奴呼韩邪单于的部众逐渐强大，塞外的猎物几乎被捕猎殆尽，如今的他已有足够的力量自卫，不再惧怕郅支单于，大臣们就劝他北归故土。一段时间后，呼韩邪单于率部北迁，失散的部众也纷纷回归，匈奴的局势也逐渐稳定了。
公元前 42 年，二月和六月，朝廷两次宣布大赦天下，希望能借此缓和社会矛盾，促进国家安定发展。
二月，御史大夫韦玄成被任命为丞相，右扶风郑弘被任命为御史大夫，二人肩负起了治理国家的重任。
三月，天象发生了日食。古人认为日食是上天发出的示警，这引发了元帝和朝臣们对朝政得失的深刻反思。此时的元帝向给事中匡衡询问地震、日食等天象变化的原因。匡衡就上疏分析说：如今陛下推行圣德，开创太平局面，多次大赦天下让百姓改过自新，这是天下之幸。但大赦天下之后，犯罪的现象却并未减少，这是因为引导百姓向善的方法不对。如今社会上的风气是贪财轻义、追求享乐、人情淡薄，若是不改变这种风气，即便陛下频繁大赦天下，也无法杜绝犯罪的发生。朝廷是天下的表率，朝廷的风气也会影响民间的风气。若是要改变现状，就应该让贤者居高位、能者任要职，朝廷崇尚礼仪，百官相互谦让，道德教化从内而外、由近向远传播，百姓自然会效仿向善。长安作为都城，应率先树立良好的风气。天人之间相互感应，善恶会引发不同的天象。如今陛下应当减少奢侈行为，重新整顿制度，亲近忠臣，远离奸佞小人，弘扬仁德，纠正那些不良的风俗习惯，如此才能实现天下大治。元帝对匡衡的建议那是十分满意，立即就将他升迁为了光禄大夫。
小主，
荀悦说道：大赦天下是特殊情况下的权宜之计，并非常规制度。汉朝建立初期，因为战乱导致百姓多有罪责，所以制定约法三章、颁布大赦令，这是形势所迫啊。但后世却沿袭不变，已不合时宜了。像惠帝、文帝时期，根本无需大赦；景帝时期的七国之乱、武帝末年的社会动荡、光武帝拨乱反正等特殊时期，才适合大赦。
七月，陇西的羌族发动叛乱。元帝急召丞相韦玄成等人商议对策。当时国家连年歉收，朝廷正为此发愁呢，现在又遇到羌族叛乱的事，韦玄成等人也是束手无策。这时右将军冯奉世挺身而出，他说：羌人在境内反叛，若是不及时剿灭，恐怕无法威慑远方的蛮夷，臣愿率军讨伐！元帝询问要多少兵力，冯奉世分析说：善于用兵者，应当速战速决。以往因低估敌人的实力，导致战事拖延、损失惨重。此次叛乱的羌人大约有三万人，如果按照兵法上说的，就需要六万人，但考虑到他们的兵器落后，如果有四万人的话，那一个月就能解决战斗。然而，丞相、御史和两位将军却认为：眼下正是农忙时节，不宜大量调兵，派一万人屯守即可。冯奉世直接反驳说：用一万人分守多处，就会导致兵力分散，这样羌人是不会害怕的。若是交战则容易失败，若是防守又无法保护百姓的周全，还会暴露我军的弱势。最坏的结果就是羌人会联合其他部族，到时所需要的兵力和花费将远超预期，少发兵拖延时间与一举平定，利弊相差巨大。但是他的意见没被采纳，朝廷只给他增加了两千兵马。
无奈的冯奉世就率领一万两千骑兵，以屯田为名出征平叛，典属国任立、护军都尉韩昌为副将，抵达陇西后分兵三处驻扎。韩昌先派了两名校尉与羌人交战，但是因为敌众我寡，校尉战败被杀。冯奉世就上书向朝廷详细的说明了这边的地形和敌我之间的形势，请求增兵三万六千人。元帝收到消息那是大为震惊，急忙发兵六万余人，并任命太常弋阳侯任千秋为奋武将军，让他协助冯奉世去平叛。到了冬季十月，大军集结完毕，这次仅过了一个月，就大败羌军，并斩杀了数千人，其余的羌人都逃到了塞外。此次羌人被打败，元帝就下诏，让部分士兵复员，留下部分屯田，防守战略要地，以巩固边境、防止叛乱再起。