丙辰日，朝廷下诏特赦建康城，京城内外实行戒严。徐孝嗣以下官员驻守宫城，萧坦之率领朝廷军队讨伐萧遥光。徐孝嗣内心疑虑恐惧，与沈文季身着军装一同坐在南掖门上，想和他商议时局，沈文季总是用其他话题岔开，最终没能谈及正题。萧坦之驻守湘宫寺，左兴盛驻守东篱门，镇军司马曹虎驻守青溪大桥。各路军队从三面包围东府城，焚烧司徒府。萧遥光派垣历生从西门出战，朝廷军队多次战败，军主桑天爱战死。萧遥光起兵时，询问咨议参军萧畅的意见，萧畅神色严肃拒不从命。戊午日，萧畅与抚军长史沈昭略暗中从南门逃出，前往朝廷自首，东府城守军士气大受打击。萧畅是萧衍的弟弟，沈昭略是沈文季哥哥的儿子。
己未日，垣历生从南门出战，趁机丢下长矛向曹虎投降，曹虎下令将他斩首。萧遥光大怒，在床上跳起来，派人斩杀了垣历生的儿子。当天晚上，朝廷军队用火箭焚烧东府城东北角楼。到了夜间，城墙崩塌，萧遥光退回小书房，戴着头巾坐着，手持蜡烛照亮自己，让人抵抗，书房门窗都层层上锁，身边侍从纷纷翻墙逃走。朝廷军主刘国宝等人率先攻入，萧遥光听到外面军队到来，吹灭蜡烛趴在床下。士兵们撞开房门进入，在黑暗中把他拉出来斩首。朝廷军队入城后，几乎烧毁了所有房屋。刘沨逃回家中，被人杀死。荆州将领潘绍听闻萧遥光作乱，谋划响应他。西部郎司马夏侯详召集潘绍议事，趁机将他斩首，荆州府得以安定。
己巳日，朝廷任命徐孝嗣为司空；加封沈文季为镇军将军，侍中、仆射职位不变；萧坦之为尚书右仆射、丹阳尹，右将军职位不变；刘暄为领军将军；曹虎为散骑常侍、右卫将军。这些都是奖赏他们平定萧遥光叛乱的功劳。
这时，北魏南徐州刺史沈陵前来投降。沈陵是沈文季的族侄。当时北魏徐州刺史京兆王元愉年纪尚轻，军府事务都由兼长史卢渊决断。卢渊预知沈陵将要反叛，便下令各城池暗中防备；多次向魏朝上奏，但朝廷没有听从。沈陵于是杀害将领僚属，率领宿预的部众前来投奔南齐，淮河沿岸各戍所因早有防备得以保全。沈陵在边境多年，暗中勾结边州豪杰。他反叛后，郡县抓捕了许多他的同党并押送过来，卢渊都安抚并赦免了他们，只归罪于沈陵一人，人心才安定下来。闰月丙子日，朝廷立东陵公萧宝览为始安王，继承靖王的香火。
江祏等人失败后，皇帝身边的捉刀、应敕等侍从都肆意横行、专权用事，当时的人称之为“刀敕”。萧坦之刚愎专断，受宠的亲信们既畏惧又憎恨他；萧遥光死后二十多天，皇帝派延明主帅黄齐济率兵包围萧坦之的府第，将他杀害，连同他的儿子秘书郎萧赏也一并处死。萧坦之的堂兄萧翼宗担任海陵太守，还未赴任，萧坦之对黄齐济说：“堂兄在海陵的府第想必没有异常。”黄齐济问：“海陵的府第在哪里？”萧坦之告知了他。黄齐济向皇帝禀报，皇帝便派人去抓捕萧翼宗。搜查他的家，发现家中极其贫穷，只有几百张借钱的契约，回来禀报皇帝后，皇帝赦免了他的死罪，将他关押在尚方署。
茹法珍等人诬陷刘暄有谋反之心，皇帝说：“刘暄是我的舅舅，怎么会有这种事？”直阁新蔡人徐世标说：“明帝是武帝的堂兄弟，受到那样的恩宠，尚且诛灭了武帝的后代；舅舅又怎么值得信任呢！”皇帝于是杀害了刘暄。
曹虎善于招纳人才，每天供养的宾客常有数百人。到了晚年却变得吝啬，卸任雍州刺史时，有五千万钱，其他财物也与此相当。皇帝怀疑曹虎是前朝旧将，且贪图他的财富，于是杀害了他。萧坦之、刘暄、曹虎新近被任命的官职，都还没来得及就任就死了。
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当初，齐高宗临终时，用萧隆昌（郁林王）被废杀的事告诫皇帝说：“做事不能落在别人后面。”所以皇帝多次与亲信谋划诛杀大臣，都事发仓促，决心果断没有疑虑。于是大臣们人人都无法保全自己。
九月丁未日，朝廷任命豫州刺史裴叔业为南兖州刺史，征虏长史张冲为豫州刺史。
壬戌日，因多次诛杀大臣，朝廷宣布大赦。
丙戌日，魏世宗拜谒长陵，想让平民身份的亲信吴人茹皓与自己同乘一车。茹皓整理衣服准备上车，给事黄门侍郎元匡上前劝谏，皇帝推开元匡让他退下，茹皓吓得脸色大变而退。元匡是元新城的儿子。
益州刺史刘季连听闻皇帝品行不端，便骄横放纵起来，施用刑罚十分严酷，蜀地百姓非常怨恨他。这个月，他派兵袭击中水，但是没有攻克。于是蜀人赵续伯等人纷纷起兵作乱，刘季连无法镇压。
枝江文忠公徐孝嗣，作为文人不明确表态赞同或反对，所以虽然名位贵重，却还能长久保全性命。虎贲中郎将许准向徐孝嗣陈述时局机密，劝说他实行废立君主之事。徐孝嗣迟疑了很久，认为必定没有动用武力的道理；想要等皇帝出游时，关闭城门，召集百官商议废黜皇帝。虽然有这个想法，最终还是没能决断。那些受宠的亲信们也渐渐憎恨他。西丰忠宪侯沈文季以年老多病为由推脱，不参与朝廷权力之争，侍中沈昭略对沈文季说：“叔父年纪已经六十，身为员外仆射，想求得自保，怎么可能呢！”沈文季笑了笑没有回应。冬季十月乙未日，皇帝召徐孝嗣、沈文季、沈昭略进入华林省。沈文季上车时，回头说：“这次出行恐怕是有去无回了。”皇帝派外监茹法珍赐给他们毒酒，沈昭略大怒，骂徐孝嗣说：“废黜昏君、拥立明君，是古今不变的典范；宰相没有才能，才导致有今天的下场！”说罢，就用酒杯砸向他的脸说：“让你做个破脸鬼！”徐孝嗣喝了一斗多毒酒才死去。徐孝嗣的儿子徐演娶了武康公主，徐况娶了山阴公主，都受牵连被诛杀。沈昭略的弟弟沈昭光听闻抓捕的人来了，家人劝他逃走。沈昭光不忍心舍弃母亲，握住母亲的手悲痛哭泣，抓捕的人将他杀害。沈昭光哥哥的儿子沈昙亮逃走，已经得以幸免，听闻沈昭光死了，叹息说：“家门被屠灭，我还活着干什么！”于是自缢而死。
当初，太尉陈显达自认为是高帝、武帝时期的旧将，在高宗在位时，内心就感到危险恐惧，极力自我贬抑，常常乘坐破旧的车子，随从的仪仗队也只用十几个瘦弱矮小的人。曾经在侍奉宴会时，酒喝到尽兴，就向高宗请求借一个枕头，高宗下令给他。陈显达抚摸着枕头说：“臣年纪衰老，富贵已经足够了，只差一个枕头枕着死去，特意来向陛下乞求。”高宗脸色大变说：“公喝醉了！”陈显达以年老应辞官为由请求退休，高宗没有批准。等到王敬则反叛时，当时陈显达正率兵抵抗北魏，始安王萧遥光怀疑他，向高宗上奏想召回军队；恰逢王敬则叛乱被平定，这才作罢。等到皇帝即位，陈显达更加不愿意留在建康。后来得到江州刺史的职位，非常高兴。他曾经生病，也不让医生治疗，不久后自行痊愈，心中却很不高兴。听闻皇帝多次诛杀大臣，又传言说将要派兵袭击江州，十一月丙辰日，陈显达在寻阳起兵，命令长史庾弘远等人给朝廷权贵写信，列举皇帝的罪行，说“想要尊奉建安王为主君，等到京城的战乱平定后，向西迎接建安王登基”。
乙丑日，朝廷任命护军将军崔慧景为平南将军，统领各路军队攻打陈显达；后军将军胡松、骁骑将军李叔献率领水军占据梁山；左卫将军左兴盛统领前锋军队驻守杜姥宅。
十二月癸未日，朝廷任命前辅国将军杨集始为秦州刺史。
陈显达从寻阳出发，在采石击败胡松，建康城震动恐惧。甲申日，陈显达的军队驻扎在新林，左兴盛率领各路军队抵抗。陈显达在岸边设置了许多营火，暗中派军队夜间渡江，袭击宫城。乙酉日，陈显达率领数千人登上落星冈，新亭的各路军队听闻后，纷纷奔逃返回，宫城大为惊骇，关闭城门设置防守。陈显达手持马槊，率领数百名步兵，在西州前与朝廷军队交战，两次交锋后，陈显达大获全胜，亲手杀死数人，马槊都折断了；接着，朝廷军队陆续赶到，陈显达无法抵抗，只好向后撤退，退到西州后面时，骑官赵潭用矛刺中陈显达，他坠下马背，被斩首，他的几个儿子都被处死。长史庾弘远是庾炳之的儿子，在朱雀航被斩首。临刑前，他索要帽子戴上，说：“子路临死时系好帽缨，我不能不戴帽子死去。”对围观的人说：“我不是反贼，而是义兵，是为各路军队请命啊。陈公做事太轻率；如果采纳我的意见，天下就不会遭受战乱之苦了。”庾弘远的儿子庾子曜，抱着父亲乞求代他受死，也被一同杀害。
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皇帝诛杀陈显达后，就更加骄横放纵了，渐渐外出游荡，又不想让人看见；每次出行，都先驱赶所经过地方的百姓，只留下空宅。负责警戒的官员击鼓清道，鼓声所到之处，百姓就必须立刻逃走，来不及穿衣穿鞋，违反禁令的人当即被处死。一个月内出行二十多次，出行时从不说明去向，东西南北，无处不去。常常在三更四更时分，鼓声四起，火光冲天，旗帜兵器横在路上。百姓们喧哗奔逃，老幼震惊，哭喊声堵塞道路，各处都被封锁，不知道皇帝要经过哪里。士农、工、商都荒废了本业，打柴采薪的道路被阻断，婚丧嫁娶都错过了时机，产妇只能在别处分娩，有人甚至把生病的人丢弃在路上，无法安葬。街巷中悬挂帐幔作为高大的屏障，设置埋伏的士兵防守，称之为“屏除”，也叫“长围”。皇帝曾经到沈公城，有一个妇人正在临产，来不及逃走，皇帝便下令剖腹查看胎儿的性别。又曾经到定林寺，有一位年老患病的僧人没能逃走，藏在草丛中；皇帝命令身边的人射箭，上百支箭同时射出。皇帝力气很大，能拉开三斛五斗的弓。又