韦昌辉的滥杀，激起了广大太平军的愤怒。同年11月，洪秀全在众人的支持下诛杀韦昌辉及秦日纲，平息了天京事变。之后，洪秀全迎石达开回天京辅政，并尊其为“义王”。石达开接受诏令，很快回到天京辅政。

石达开回到天京后，在政治上着手天京事变的善后事宜，安定人心；军事上击退了来攻的清军，又发掘出年轻将领陈玉成和李秀成。在石达开的指挥领导下，太平军在安徽、湖北两省屡战屡胜，并顺利解除武昌和九江的围困之局。太平天国的军事形势日益稳定，石达开的个人威望也达到了最高点。

小主，

然而，石达开的威望越高，洪秀全就越猜忌他。洪秀全加封自己的兄弟洪仁发、洪仁达为王，抑制石达开，又把他留在天京城，企图剥夺他的军政大权。石达开不堪忍受这种猜忌和排挤，最终在1857年5月，率众多将领和数万太平军出走天京，并布告天下说明自己出走的原因。这一走，石达开与太平天国彻底分道扬镳，也为他的命运埋下了悲剧的种子。

石达开出走天京后，先是进入安庆。后来江西的太平军形势不利，1857年10月，石达开率军进援江西，并在乐平、临江、抚州、广信、吉安等地转战半年之久。当时他的麾下缺乏水师，无法渡过赣江，最终只得放弃江西。

1858年4月，石达开转战浙江，先包围衢州，又分兵去攻占处州等地。然而，衢州久攻不下，清军的援军又接连进入浙江。石达开为了避免陷入四面受敌的境况，放弃浙江，转攻福建，占领浙江等地。在转战的过程中，石达开麾下有部属接连脱离，甚至投降清军，这让石达开的实力受到了很大的削弱。

1859年初，石达开命手下石镇吉、赖裕新等人分兵进攻广东、湖南。同年5月，石达开亲率主力攻打湖南宝庆府，企图由此进入四川，但最终败给清军，被迫进入广西。石达开在广西北部与石镇吉会师，打算攻打桂林，后因湖南清军赶来支援而放弃。

1861年9月，石达开自桂南北上，于1862年初经湖北入川。自此，为北渡长江，夺取成都，建立四川根据地，石达开转战川黔滇三省，先后四进四川。1863年4月，石达开终于兵不血刃渡过金沙江，突破长江防线。

5月，太平军到达大渡河，对岸尚无清军，石达开下令多备船筏，次日渡河。可谁能想到，当晚天降大雨，河水暴涨，无法行船。三日后，清军陆续赶到布防，太平军为大渡河百年不遇的提前涨水所阻，多次抢渡不成，粮草用尽，陷入绝境。

为求建立“生擒石达开”的奇功，四川总督骆秉章遣使劝降。石达开决心舍命以全三军，经双方谈判，由太平军自行遣散四千人，这些人大多得以逃生。剩余两千人保留武器，随石达开进入清营。石达开被押往成都后，清军背信弃义，两千将士全部战死。

1863年6月27日，石达开在成都公堂受审。他慷慨陈词，痛斥清朝的腐败和残暴，令主审官崇实理屈词穷，无言以对。而后，石达开从容就义，临刑之际，神色怡然，身受凌迟酷刑，至死默然无声，观者无不动容，叹为“奇男子”。

参考《太平天国史》